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[基础知识] 检测MET扩增,FISH还是NGS?

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27185 0 小杨 发表于 2022-10-10 11:19:45 |

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作者:张潇潇

在之前介绍MET变异的文章(看不懂最新研究?别急,先搞清楚MET的基本概念)中,我们提到MET变异其实是包括MET基因扩增、MET基因突变、MET蛋白过表达等多种异常的统称,其致癌机制、检测技术、治疗方式都有所不同。

原发性MET扩增在非小细胞肺癌患者中仅占1%~5%,但在EGFR、ALK抑制剂耐药后,有不少患者出现了继发性MET扩增突变。对于非小细胞肺癌患者来说,NGS检测MET基因突变(如MET14外显子突变)的效率更高,而FISH检测被认为是检出MET扩增的金标准。

作为普通患者,我们更希望用一种检测手段就能检出所有突变。为什么FISH技术检测MET扩增更具有临床意义?号称基因全覆盖的NGS技术能否取代FISH,用于MET扩增的检查呢?近日的一项研究深入探讨了这个问题,让我们一起来看一看。
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1
什么是NGS检测

NGS,即下一代测序技术(Next-generation sequencing),又称高通量测序技术(High-throughput sequencing, HTS)、第二代测序。通过受检样本与对照的测序信号进行对比,计算出MET拷贝数变化。

2
什么是FISH检测

FISH,即荧光原位杂交技术。以荧光探针标记MET基因和7号染色体着丝粒数,计算MET拷贝数及比例,可以直接观察到单个肿瘤细胞的MET扩增状态。

目前,对FISH检测MET扩增的判读标准、NGS检测平台对MET扩增检测阈值,尚未达成共识。在这项研究中,根据Cappuzzo 评分系统将FISH检测的MET扩增的检出定义为每细胞GC≥5或MET/CEN7(MET拷贝数与7号染色体着丝粒数的比值)>2.0,评估NGS检测的MET扩增标准是GCN≥5。

在40名使用MET抑制剂的非小细胞肺癌患者中开展试验,所有患者分别接受FISH和NGS检测是否有MET扩增。随后,所有患者都接受了克唑替尼、沃利替尼、伯瑞替尼等MET抑制剂的治疗。
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表一:患者的临床特征

结果:

在40名患者中,FISH检出25例MET扩增,按照GCN≥5的MET扩增标准,NGS检出10例(GCN<5的有30例,也就是说这40例患者都可以称为MET扩增,只是扩增倍数不同)。其中,FISH和NGS判断一致(包括阴性或阳性)的有25例(62.5%,25/40)。

MET抑制剂治疗后,18位患者出现部分缓解,部分缓解率为45%(18/40),中位PFS为4.0个月。

其中,在FISH检查为MET扩增的25位患者中,17位在治疗后得到了部分缓解(部分缓解率为68%),中位PFS为5.4个月;

在FISH检查为非MET扩增的15位患者中,仅有一位患者得到了部分缓解(部分缓解率为6.7%),中位PFS为1.0个月。(P<0.001)

在NGS检测为MET扩增的10位患者中,有6位出现了部分缓解(部分缓解率为60%),中位PFS为4.8个月;

在NGS检测为非MET扩增的30位患者中,有12位出现部分缓解(部分缓解率为40%),中位PFS为2.2个月。(P = 0.357)
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总结:

不难看出,通过FISH鉴定为MET扩增时,采用MET类抑制剂的预测生存获益更准确(部分缓解率68%),而通过NGS判断的MET扩增状态时,严格按照GCN≥5作为MET扩增标准时,与FISH鉴定的MET扩增采用MET类抑制剂预测生存获益类似(部分缓解率60%)。而如果将扩增标准放宽到GCN<5时,虽然PFS时间只有2.2个月,但部分缓解率依然达到40%,说明NGS如果和FISH一样采用GCN≥5作为扩增标准的话,会有一部分患者被划入到非MET扩增,而其中部分患者是能够从MET类抑制剂中获益的。与生存获益之间的关联性不足。

究其原因,MET扩增的形式有两种,染色体上MET基因拷贝数增加的局部扩增(focal amplification),以及7号染色体重复增加的染色体多体(polysomy)。当NGS技术以单条染色体上的平均基因数扩增(GCN)为标准时,会漏检以染色体多体形式扩增的MET扩增,因为多体的单条染色体拷贝数并未增加。目前,关于通过NGS技术检测肺癌患者中的MET扩增,尚无公认的检测流程与检出标准,有待进一步完善。

在这项研究中,以常用的GCN≥5作为NGS检测的判断依据,发现GCN≥5的患者人群中和FISH的一致性较高,但GCN<5的患者中也有部分人能够MET抑制剂中获益,导致NGS检测总体的区分度不高。

无论是这项研究的结果还是此前的发现,都一致认为FISH仍然是目前最适合鉴定MET扩增的技术,可用于预测MET抑制剂疗效。NGS技术检测MET 扩增则还不够明确,不推荐直接用于临床实践。但毕竟NGS的适用范围比FISH要宽很多,如果 NGS技术检测结果得到GCN < 5,建议进一步通过 FISH 确认 MET 状态。假如因为条件所限,无法进行FISH确认,患者也可以尝试MET类抑制剂,毕竟上述研究中也证实了GCN<5的患者中部分人能够从MET抑制剂中获益。
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