二代测序对于肿瘤的意义

newlifepku 发表于 2015-5-2 20:33
谢谢，我都没有发现有价格在公司网站上面，Oseq产品分为使用组织做样本检测（名称为Oseq-T），和使用外 ...

明白了。谢谢。

楼主：我的邮箱是878735275@QQ.COM，给我发些资料吧，我们是胰腺肝转移。

newlifepku 发表于 2015-4-30 23:18
可以啊，其实通过外周血检测，一个是寻找有用的靶向药物。另一个是监控是否有复发了，因为肿瘤分子水平的 ...

我是江苏省泰州市的，请问一定要到你们那儿去检测吗？还有具体的费用.....请发一份资料到874583910@qq.com

jhaiping 发表于 2015-5-2 14:07
http://mall.genebook.com.cn/allBusiness/14B1DEB0B4028E41E050007F01006236

华大医学商城，15800.

你好：我是一个患胰腺肝转移孩子的父亲，想咨询一下你，这个二代测序有用吗，望回复，我的QQ878735275，我对这方面的知识了解太少，望帮忙！

newlifepku 发表于 2015-4-30 23:18
可以啊，其实通过外周血检测，一个是寻找有用的靶向药物。另一个是监控是否有复发了，因为肿瘤分子水平的 ...

你好：我是一个患胰腺肝转移孩子的父亲，想咨询一下你，这个二代测序有用吗，望回复，我的QQ878735275，我对这方面的知识了解太少，望帮忙！

憨豆精神 发表于 2015-4-16 22:55
全部读了这帖，楼主介绍得很清楚，谢谢!
提一个问题：贵公司可否逐一列出全部可检的基因突变和扩增以及高 ...

憨豆先生：我是一个患胰腺肝转移孩子的父亲，想咨询一下您，这个二代测序对我的孩子病来说有用吗，恳望回复，我的QQ878735275，我对这方面的知识了解太少，望帮忙！

alexzwl1221 发表于 2015-5-3 13:46
首先非常感谢您提供的这个渠道，能够感受到您的好意。有实力的病友都可以去试试，但当下让病友大规模的进 ...

1、首先，常用的靶向药物耐药了，有多种可能的途径，如肺癌的易瑞沙、特罗凯是T790M，或者是下游KRAS基因。如赌水沟一样，下游短路了，上游使用帕尼单抗、帕妥珠单抗阻断EGFR与受体结合的意义就不是很大了。因此这也是平行对多个基因测序的意义所在，刚看到的一篇介绍说，肿瘤的驱动基因可能会涉及到十几个、几十个，虽然不是如EGFR、ALK那么常见。药物的话，如果是T790M突变了，则可以使用第三代TKI，如9291，,4002等，这个论坛上有些网友有很好的资料，我也是看的和学习的。

2、针对您的这个问题，我也不知道怎么解释，您需说清楚是什么没有基因突变，而靶向药物很好的情况。因为昨天有患者家属直接就理解成，没有检测出EGFR突变，用易瑞沙效果也很好。这个有专门的临床试验验证，如果EGFR没有突变，还不如进行化疗呢。因为亚洲人EGFR基因突变的频率还是很高的，35-50%，所以有些患者没有检测突变，盲吃也很可能是有效的。但如果没有检测到突变，不建议第一线使用EGFR-TKI，当然可以使用其他检测方法在检测一下，看是否第一次漏检等。

3、目前没有专门针对KRAS基因突变的靶向药物，但在一项随机研究中，口服的MEK抑制剂司美替尼（selumetinib）联合化疗药物多西他赛用于经治的KRAS突变非小细胞肺癌患者。与单纯化疗相比，其ORR(37%：0%)、PFS（5.3个月：2.1个月）、OS（9.4个月：5.2个月）均有了长足的进步。即，很多药物是选择KRAS下游的MEK这里了。司美替尼您可以了解下。

hbljf1964 发表于 2015-5-3 22:42
你好：我是一个患胰腺肝转移孩子的父亲，想咨询一下你，这个二代测序有用吗，望回复，我的QQ878735275， ...

建议您先看下这个帖子，包含我的回复等。二代测序的意义，以及为何相比免疫组化、常规PCR、sanger测序的特点和意义等。这些我都解释清楚了。因为给大家提供咨询、回答大家的疑问是我自己的兴趣，也愿意帮到大家。但确实希望能至少先把本帖读完，并将您的疑问回复了，我一定尽量及时解答。我也愿意这种方式，因为这样大家都能看到了，对大家都有参考意义。不管是我回答的是否全面，准确，至少可以帮到大家起到参考的意义。
因为平时有不少工作和业余的学习计划，QQ基本上不上的，此点很抱歉。

hbljf1964 发表于 2015-5-3 22:43
你好：我是一个患胰腺肝转移孩子的父亲，想咨询一下你，这个二代测序有用吗，望回复，我的QQ878735275， ...

还是简要回答你下：

一、二代测序，是将提取到的DNA用超声波随机打断，然后进行捕获，如我想测跟肿瘤相关的508个基因，那么我就抓取这些基因，然后将富集的DNA，放入仪器进行平行测序，而且与一代测序不同，我可以一次测几百个基因，甚至几千个，全基因组。只所以测这么多基因，是因为肿瘤是一个异质性的疾病，基本上很多肿瘤细胞的基因突变都是不一样的，而且机体内的肿瘤细胞不断受到药物、免疫系统的攻击，它们自己也在不断的进化，因此一个患者原发灶、转移灶、甚至一个肿瘤组织的不同部位的肿瘤细胞的遗传信息都是不一样的，这也是为何药物杀灭不了肿瘤，因此总有一些存活的，改天又卷土重来。而如果测更多的基因，则会以比较全面的角度观察，那些基因突变了，进而在多个角度选择药物。如下面是我整理的这些还算是常见的基因突变。而晚期肿瘤多半是涉及到几个，十几个基因突变，因此单独靠一种药物是很难阻断肿瘤的，而能在更全的信息的情况下，根据基因突变选择多个靶药，是能缓解病情的，阻挡住肿瘤的多个衍生点，这是国际上比较提倡的精准医疗。
二、另外有朋友问免疫组化和基因测序。其实人体的遗传信息，先是从DNA转录为RNA，然后RNA在翻译成蛋白质。因此免疫组化是一般医院病理科都可以开展的，使用组织样本，制片，用抗体显色，检测蛋白的表达水平。如乳腺癌的HER2表达，是使用这个方法来判断是否可以使用赫赛汀。但有些突变是不能使用免疫组化检测的，如EGFR基因突变，一个碱基突变，在蛋白质的量上没有变化，是否有可以识别这么一个碱基的突变的抗体我不清楚，但即便有如果要检测多个EGFR基因突变，那就要多个抗体，这是很难的。所以测序DNA，尤其是大规模平行测序多个基因，有免疫组化所具备的优势。而且基于DNA突变来选择的靶向药物，要多余基于免疫组化来选择的靶向药物。




付肿瘤常见的一些基因靶点，和突变频率：

• EGFR，（又名HER1、ErbB1，其中NSCLC肺腺癌的30-50%东亚患者有EGFR突变）       
• ALK基因重组（占NSCLC的4%-7%）
• ROS1染色体易位（占NSCLC总数的3%）
• BRAF基因突变（占NSCLC总数的1%-3%，其中50%是BRAF V600E）
• MET过表达（7%的NSCLC具有MET过表达）
• KRAS基因突变（占NSCLC总数的20-30%，肺腺癌较高，肺鳞癌中不常见）
• NRAS基因突变
• HER2（又名ErbB2，其中HER2扩增、HER2过表达、HER2突变分别占NSCLC的20%、6%-35%、1%-2%）
• RET易位（占NSCLC肺腺癌的1%，年轻和不吸烟患者的占7-17%）
• NTRK1基因融合（3%没有其他原癌基因的NSCLC）
• EGFR1扩增（13%-25%的肺鳞癌可以检测出该种突变，肺腺癌中罕见）
• DDR2基因突变（4%-5%的肺鳞状细胞癌中可以出现DDR2突变）
• PIK3CA基因扩增和突变（PIK3CA的扩增和突变分别占NSCLC的37%和9%）
• 干细胞生长因子受体C-kit基因
• 血小板衍生生长因子受体PDGFRA基因
• 血管内皮生长因子受体VEGFR基因
• PTEN基因缺失
  

华大算是国内做的最好的了。
现在最大的问题是成本太高，价格太高。
如果价格下降到几千块，病人可以不同的阶段多次检测，从而提高治疗精准性。
而且华大可以去掉一些不必要的基因检测，将常见的和有靶向药的基因最一个最小子集，那就好了。